3月31日以来，股转系统陆续公布了针对49家新三板挂牌公司的年报问询函，从各大公司被问询的内容来看，股转系统主要关注公司持续经营能力、存货和会计变更等问题。
据人民创投网统计，仅5月5日这天，就有4家创新层公司和8家基础层公司收到股转系统年报问询函，创新层公司分别是九恒星、佳顺智能、科能腾达、蓝海骆驼；基础层公司包括盛夏星空、行知探索、中标节能、厚扬控股、鑫众科技、日升昌、ST紫极和太尔科技。
另外，佳顺智能、蓝海骆驼、神玥软件、宇翊通讯、园禾方圆这5家挂牌公司的主办券商被点到名。
佳顺智能的年报披露，公司2015年12月24日挂牌，主办券商推荐报告人意见为“公司股权明晰，股票发行和转让行为合法合规”。股转系统此次要求主办券商说明佳顺智能挂牌时对股权是否清晰、股份代持情况的尽职调查过程。
股转系统在对宇翊通讯年报问询函中表示，公司应核实财务报表附注相关描述是否存在错误，说明其他流动资产的明细，税费返还税种、依据，并要求其主办券商核实公开转让说明书与年度报告，说明年度报告事前审查是否履职。
股转系统要求主办券商说明神玥软件所拥有的软件著作权等知识产权是否为其自主研发取得，是否涉及技术人员在原单位的职务成果，公开转让说明书披露内容是否真实、准确、完整。
园禾方圆的主办券商也同样在问询函中被点名，要求说明公司挂牌时是否充分评估了可持续性经营能力，挂牌前是否有重大事项未披露等事项。
蓝海骆驼的主办券商、大华会计师事务所则被要求核查两方面内容，主要包括公司销售与收款循环相关的内控制度，结合授权审批、内部凭证记录等核查相关制度是否有效，是否得到有效执行；以及公司会计核算基础是否符合现行会计基础工作规范要求，说明与公司内控及会计核算相关的主要问题以及后续规范措施，并对公司财务内控制度是否健全、会计核算是否规范发表专业意见。
除大华会计师事务所以外，进一步被股转系统要求核查信息的会计师事务所还包括中兴华会计师事务所、北京兴华会计师事务所、广东正中珠江会计师事务所、以及中兴财光华会计师事务所。
据悉，中兴华会计师事务所注册会计师为幸美股份2016年财务报告出具了非标准审计意见的审计报告，审计意见类型为“带强调事项段的无保留意见”，强调事项为“2016年度向第一大股东及其所属企业销售护肤品7,803.14万元，占贵公司2016年营业收入的31.69%，销售价格根据具体订单由双方协商确定。”据此，股转系统要求中兴华会计师事务所及签字注册会计师说明强调事项段所表达的意义，以及幸美股份向大股东销售产品关联交易的审计程序，定价是否公允。
此外，中兴华会计师事务所中还为爱应用出具了标准无保留意见的审计报告，因此被要求说明注册会计师出具审计报告，是否充分考虑了企业的持续经营能力。
北京兴华会计师事务所为科能腾达2016年财务报告出具了标准无保留意见的审计报告，被要求说明未审计报表与审计后的财务报表存在显著差异的原因，审计调整的主要内容。
针对南湖国旅的年报问询函显示，股转系统要求广东正中珠江会计师事务所说明两方面内容，包括对南湖国旅对关联方销售、采购真实性的审计程序，以及对南湖国旅关联交易的定价公允性的审计程序。
中兴财光华会计师事务所由于为ST源渤2016年年报出具标准无保留意见的审计报告。被股转系统要求说明是否充分考虑了ST源渤的持续经营能力，ST源渤仅拥有1名财务人员是否符合会计制度。
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