今年前两个月，全球流入ETF的资金创下了新纪录，市场担心大量短线资金通过ETF的涌入可能会给市场带来动荡，并给ETF的发展带来负面影响。
根据数据商ETFGI的统计，2016年，全球ETF的资金流入量创下新纪录，当年共有3900亿美元流入ETF。在今年的前两个月，ETF又获得了1310亿美元的资金。
受到特朗普减税以及增加基础设施开支的承诺影响，全球大量资金看好美股市场。特朗普当选后带来的行情刺激了ETF的进一步发展。由于ETF较为便宜，许多投资者都愿意通过这种快捷便利的方式入市。
瑞银证券分析认为，如果这种趋势发生逆转就会产生市场风险。今年3月初，美股创下了历史新高，但随后开始出现回调。3月21日，标普500大跌1.24%，这一跌幅为今年以来最大。据分析，通过ETF进入市场的资金多为短期资金，在市场下行时很容易出逃，并形成打压股价的恶性循环。对散户产生的影响可能更加明显，因为散户对市场的反应往往滞后。
目前高企的美股估值也可能会让ETF投资者更加失望。分析认为，美国股票现在的估值并不合理，标普500的溢价要明显高过欧洲和日本股市。尤其是最近买入美股的投资者，或许已经开始遭遇企业营收欠佳的境地，因为刺激本轮行情的特朗普政策不会马上兑现，新的经济刺激政策也很难在短时间内出现。
尽管如此，低成本ETF的崛起还是给主动管理基金带来了巨大压力。在和主动产品的竞争中，贝莱德和领航的ETF产品线明显胜出，2017年不到3个月时间里，两家公司分别获得了380亿美元和290亿美元的净流入。与此同时，一些传统的主动管理基金公司面临着资金赎回。
不过，有机构却对ETF的发展十分担忧。英国英杰华投资的总裁尤安·芒罗表示，目前的ETF就像1999年的科技股泡沫以及2006年的金融泡沫一样。芒罗表示，投资风潮总是在达到鼎盛后开始出现转折，这次就可能出现在ETF领域。随着大盘指数的强劲表现变弱，ETF的流行可能也会发生变化。
ETF在市场突发波动时往往会出现问题。2015年8月24日，道琼斯指数出现闪跌，其时美国市场上超过1/5的ETF被迫停止交易。ETF在市场出现崩盘时，并没有像许多投资者期待的那样具有非常高的流动性。
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